Huffman kết hôn với diễn viên William H. Macy năm 1997 và có cùng ông hai con gái Sofia Grace (1 tháng 8 năm 2000) và Georgia Grace (14 tháng 3 năm 2002). Vợ chồng bà đã tham gia cùng nhau trong nhiều chương trình phim và truyền hình, và thường được biết đến với biệt danh "Filliam H. Muffman", một kiểu ghép tên quen thuộc dành cho những cặp đôi nổi tiếng, như "Bennifer" (Jennifer Lopez & Ben Affleck, "Brangelina" (Brad Pitt & Angelina Jolie) và "TomKat" (Tom Cruise & Katie Holmes).

Năm 2005, Huffman tiết lộ rằng bà đã từng trải qua cả bệnh chán ăn và bệnh cuồng ăn từ năm 18, 19 tuổi cho đến tận gần 30 tuổi.[6] Trong những lúc bệnh cuồng ăn lên cao độ, bà phải xổ ruột 6 lần trong một ngày. Khi cân nặng lên tới 98 pao thì triệu chứng mới chấm dứt, và bà phải đi bộ để giảm cân. Huffman cùng nổi tiếng với khiếu hài hước tự châm chích bản thân và luôn tin rằng mình "không xinh đẹp".

Bà là một người hâm mộ cuồng nhiệt Tina Turner và mơ ước trở thành một ca sĩ. Khi Huffman được mời trong talkshow Oprah Winfrey, Oprah đã gây bất nhờ cho bà với sự xuất hiện của khách mời Tina Turner và hai người đã cùng nhau song ca một bài.

Tháng 3 năm 2019, Felicity Huffman nằm trong nhóm 50 người bị truy tố do có dính líu đến một vụ gian lận thi đại học bê bối nhất từng bị phanh phui tại Mỹ với quy mô 25 triệu USD. Felicity Huffman đã hối lộ tiền để chạy cho con vào các trường đại học danh giá ở Hoa Kỳ.[7][8]